Российские и голландские учёные создали программу для поиска пробиотиков

Учёные из Донского государственного технического университета (Ростов-на-Дону), Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М. Сеченова и Вагенингенского университета (Нидерланды) разработали программу KEGGaNOG, которая автоматически анализирует особенности обмена веществ у бактерий и определяет их способность синтезировать витамины, сообщили в пресс-службе Российского научного фонда.

Поскольку микроорганизмы нередко входят в состав препаратов-пробиотиков и других биодобавок, учёным важно уметь расшифровывать геном бактерии, чтобы отличить полезную от неполезной.

Однако этот длительный и трудоёмкий процесс состоит из целого ряда шагов: сначала учёные ищут ряд разных генов, затем определяют для каждого из них функцию, после чего составляют схему метаболических путей (цепочек химических превращений в рамках обмена веществ), в которых они задействованы. А когда нужно проанализировать сотни видов бактерий, то процесс затягивается ещё больше.

Для более оперативной оценки метаболических возможностей бактерий учёные и разработали инструмент, который поможет найти штаммы для производства пробиотиков и других биодобавок.

30 тысяч установок и перспектива развития

Программу успешно протестировали на геномах 11 бактерий, среди которых были бифидо- и лактобактерии, использующиеся в качестве пробиотиков в молочной продукции. Инструмент показал метаболические особенности штаммов и различия между ними.

В перспективе разработчики выпускать регулярные обновления и создавать новые биоинформатические решения, которые помогут исследователям по всему миру проводить воспроизводимый и точный анализ микробиомных данных.